Collective Variables Module - Developer Documentation
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Public Member Functions | Static Public Member Functions | Public Attributes | List of all members
SimParameters Class Reference

Public Member Functions

BigReal getCurrentLambda (const int)
 
BigReal getLambdaDelta (void)
 
BigReal getElecLambda (const BigReal)
 
BigReal getVdwLambda (const BigReal)
 
BigReal getBondLambda (const BigReal)
 
 SimParameters (ConfigList *c, char *&cwd)
 
void initialize_config_data (ConfigList *, char *&cwd)
 
void send_SimParameters (MOStream *)
 
void receive_SimParameters (MIStream *)
 
void scriptSet (const char *, const char *)
 
void close_dcdfile ()
 
int isSendSpanningTreeOn ()
 
int isSendSpanningTreeUnset ()
 
int isRecvSpanningTreeOn ()
 
int isRecvSpanningTreeUnset ()
 
char * getfromparseopts (const char *name, char *outbuf)
 
int istrueinparseopts (const char *name)
 
int issetinparseopts (const char *name)
 
void readExtendedSystem (const char *filename, Lattice *latptr=0)
 

Static Public Member Functions

static void nonbonded_select ()
 

Public Attributes

Bool lonepairs
 
int watmodel
 
Bool LJcorrection
 
BigReal dt
 
int N
 
int stepsPerCycle
 
zVector cellBasisVector1
 
zVector cellBasisVector2
 
zVector cellBasisVector3
 
zVector cellOrigin
 
Lattice lattice
 
int nonbondedFrequency
 
int fullElectFrequency
 
BigReal fmaTheta
 
int ldBalancer
 
int ldbStrategy
 
int ldbPeriod
 
int firstLdbStep
 
int lastLdbStep
 
int hybridGroupSize
 
BigReal ldbBackgroundScaling
 
BigReal ldbPMEBackgroundScaling
 
BigReal ldbHomeBackgroundScaling
 
BigReal ldbRelativeGrainsize
 
int traceStartStep
 
int numTraceSteps
 
Bool outputMaps
 
Bool simulateInitialMapping
 
int simulatedPEs
 
int simulatedNodeSize
 
Bool disableTopology
 
Bool verboseTopology
 
Bool benchTimestep
 
int useCkLoop
 
int twoAwayX
 
int twoAwayY
 
int twoAwayZ
 
int maxPatches
 
Bool ldbUnloadPME
 
Bool ldbUnloadZero
 
Bool ldbUnloadOne
 
Bool ldbUnloadOutputPEs
 
Bool noPatchesOnZero
 
Bool noPatchesOnOutputPEs
 
Bool noPatchesOnOne
 
BigReal initialTemp
 
Bool comMove
 
Bool zeroMomentum
 
Bool zeroMomentumAlt
 
Bool wrapWater
 
Bool wrapAll
 
Bool wrapNearest
 
BigReal dielectric
 
ExclusionSettings exclude
 
BigReal scale14
 
BigReal nonbondedScaling
 
int dcdFrequency
 
int dcdUnitCell
 
int velDcdFrequency
 
int forceDcdFrequency
 
int xstFrequency
 
char auxFilename [128]
 
char dcdFilename [128]
 
char velDcdFilename [128]
 
char forceDcdFilename [128]
 
char xstFilename [128]
 
char outputFilename [128]
 
char restartFilename [128]
 
int restartFrequency
 
Bool restartSave
 
Bool restartSaveDcd
 
Bool binaryRestart
 
Bool binaryOutput
 
BigReal cutoff
 
BigReal margin
 
BigReal patchDimension
 
BigReal limitDist
 
Bool switchingActive
 
Bool vdwForceSwitching
 
BigReal switchingDist
 
Bool martiniSwitching
 
Bool martiniDielAllow
 
BigReal pairlistDist
 
int pairlistMinProcs
 
int usePairlists
 
int pairlistsPerCycle
 
BigReal pairlistShrink
 
BigReal pairlistGrow
 
BigReal pairlistTrigger
 
int outputPairlists
 
Bool constraintsOn
 
int constraintExp
 
Bool gridforceOn
 
Bool gridforceVolts
 
zVector gridforceScale
 
Bool gridforceContA1
 
Bool gridforceContA2
 
Bool gridforceContA3
 
zVector gridforceVOffset
 
Bool gridforceLite
 
Bool gridforcechecksize
 
Bool mgridforceOn
 
MGridforceParamsList mgridforcelist
 
Bool selectConstraintsOn
 
Bool constrXOn
 
Bool constrYOn
 
Bool constrZOn
 
Bool sphericalConstraintsOn
 
zVector sphericalConstrCenter
 
BigReal constraintScaling
 
Bool paraTypeXplorOn
 
Bool paraTypeCharmmOn
 
Bool goGroPair
 
Bool goForcesOn
 
char goParameters [128]
 
char goCoordinates [128]
 
GoChoices goMethod
 
Bool movingConstraintsOn
 
zVector movingConsVel
 
Bool rotConstraintsOn
 
zVector rotConsAxis
 
zVector rotConsPivot
 
BigReal rotConsVel
 
Bool movDragOn
 
char movDragFile [128]
 
BigReal movDragGlobVel
 
char movDragVelFile [128]
 
Bool rotDragOn
 
char rotDragFile [128]
 
char rotDragAxisFile [128]
 
char rotDragPivotFile [128]
 
BigReal rotDragGlobVel
 
char rotDragVelFile [128]
 
Bool consTorqueOn
 
char consTorqueFile [128]
 
char consTorqueAxisFile [128]
 
char consTorquePivotFile [128]
 
BigReal consTorqueGlobVal
 
char consTorqueValFile [128]
 
Bool SMDOn
 
BigReal SMDVel
 
zVector SMDDir
 
BigReal SMDk
 
BigReal SMDk2
 
char SMDFile [128]
 
int SMDOutputFreq
 
Bool tabulatedEnergies
 
int tableNumTypes
 
char tabulatedEnergiesFile [128]
 
char tableInterpType [128]
 
Real tableSpacing
 
BigReal tableMaxDist
 
Bool TMDOn
 
Bool TMDDiffRMSD
 
BigReal TMDk
 
char TMDFile [128]
 
char TMDFile2 [128]
 
int TMDOutputFreq
 
int TMDFirstStep
 
int TMDLastStep
 
BigReal TMDInitialRMSD
 
BigReal TMDFinalRMSD
 
Bool symmetryOn
 
Bool symmetryScaleForces
 
BigReal symmetryk
 
char symmetrykfile [128]
 
char symmetryFile [128]
 
char symmetryMatrixFile [128]
 
int symmetryFirstStep
 
int symmetryLastStep
 
int symmetryFirstFullStep
 
int symmetryLastFullStep
 
Bool alchOnAtStartup
 
Bool alchOn
 
Bool alchFepOn
 
Bool alchThermIntOn
 
Bool alchFepWCARepuOn
 
Bool alchFepWCADispOn
 
Bool alchFepElecOn
 
Bool alchFepWhamOn
 
int alchMethod
 
BigReal alchLambda
 
BigReal alchLambda2
 
int alchLambdaFreq
 
BigReal alchRepLambda
 
BigReal alchDispLambda
 
BigReal alchElecLambda
 
BigReal alchFepWCArcut1
 
BigReal alchFepWCArcut2
 
BigReal alchFepWCArcut3
 
BigReal alchTemp
 
int alchOutFreq
 
Bool alchEnsembleAvg
 
char alchOutFile [128]
 
int alchEquilSteps
 
BigReal alchVdwShiftCoeff
 
BigReal alchElecLambdaStart
 
BigReal alchVdwLambdaEnd
 
BigReal alchBondLambdaEnd
 
Bool alchDecouple
 
Bool alchBondDecouple
 
Bool lesOn
 
int lesFactor
 
Bool lesReduceTemp
 
Bool lesReduceMass
 
Bool extForcesOn
 
char extForcesCommand [256]
 
char extCoordFilename [128]
 
char extForceFilename [128]
 
Bool qmForcesOn
 
char qmParamPDB [128]
 
Bool qmParamPDBDefined
 
char qmExecPath [256]
 
char qmSoftware [128]
 
char qmChrgModeS [16]
 
int qmChrgMode
 
char qmColumn [16]
 
char qmBaseDir [256]
 
char qmSecProc [256]
 
Bool qmSecProcOn
 
char qmPrepProc [256]
 
Bool qmPrepProcOn
 
int qmFormat
 
Bool qmReplaceAll
 
Bool qmBondOn
 
char qmBondColumn [16]
 
Bool qmBondDist
 
int qmBondValType
 
char qmBondValueTypeS [16]
 
char qmBondSchemeS [16]
 
int qmBondScheme
 
Bool qmPCSwitchOn
 
char qmPCSwitchTypeS [16]
 
int qmPCSwitchType
 
char qmPCSchemeS [16]
 
int qmPCScheme
 
int qmSimsPerNode
 
Bool qmVDW
 
Bool qmNoPC
 
Bool qmElecEmbed
 
int qmPCSelFreq
 
Bool qmCustomPCSel
 
Bool qmLSSOn
 
int qmLSSFreq
 
char qmLSSResname [5]
 
char qmLSSModeS [16]
 
int qmLSSMode
 
int qmOutFreq
 
int qmPosOutFreq
 
Bool printBadContacts
 
Bool GBISOn
 
BigReal fsMax
 
Bool GBISserOn
 
BigReal solvent_dielectric
 
BigReal coulomb_radius_offset
 
BigReal kappa
 
BigReal ion_concentration
 
BigReal gbis_delta
 
BigReal gbis_beta
 
BigReal gbis_gamma
 
BigReal alpha_cutoff
 
BigReal alpha_max
 
Bool LCPOOn
 
BigReal surface_tension
 
Bool drudeOn
 
Bool drudeHardWallOn
 
BigReal drudeTemp
 
BigReal drudeDamping
 
BigReal drudeBondLen
 
BigReal drudeBondConst
 
BigReal drudeNbtholeCut
 
Bool pairInteractionOn
 
int pairInteractionGroup1
 
int pairInteractionGroup2
 
Bool pairInteractionSelf
 
Bool cosAngles
 
Bool globalForcesOn
 
Bool tclForcesOn
 
Bool tclBCOn
 
char * tclBCScript
 
char tclBCArgs [128]
 
Bool freeEnergyOn
 
Bool miscForcesOn
 
Bool colvarsOn
 
Bool fixedAtomsOn
 
Bool fixedAtomsForces
 
Bool fixedAtomsForceOutput
 
Bool langevinOnAtStartup
 
Bool langevinOn
 
BigReal langevinTemp
 
BigReal langevinDamping
 
Bool langevinHydrogen
 
Bool langevin_useBAOAB
 
Bool loweAndersenOn
 
BigReal loweAndersenTemp
 
BigReal loweAndersenRate
 
BigReal loweAndersenCutoff
 
Bool globalOn
 
Bool dihedralOn
 
Bool COLDOn
 
BigReal COLDRate
 
BigReal COLDTemp
 
Bool tCoupleOn
 
BigReal tCoupleTemp
 
int rescaleFreq
 
BigReal rescaleTemp
 
Bool accelMDOn
 
Bool accelMDdihe
 
Bool accelMDdual
 
Bool accelMDDebugOn
 
BigReal accelMDFirstStep
 
BigReal accelMDLastStep
 
int accelMDOutFreq
 
BigReal accelMDE
 
BigReal accelMDalpha
 
BigReal accelMDTE
 
BigReal accelMDTalpha
 
Bool accelMDG
 
int accelMDGiE
 
int accelMDGcMDSteps
 
int accelMDGEquiSteps
 
int accelMDGcMDPrepSteps
 
int accelMDGEquiPrepSteps
 
BigReal accelMDGSigma0P
 
BigReal accelMDGSigma0D
 
Bool accelMDGRestart
 
char accelMDGRestartFile [128]
 
Bool accelMDGresetVaftercmd
 
Bool adaptTempOn
 
Bool adaptTempDebug
 
int adaptTempFirstStep
 
int adaptTempLastStep
 
int adaptTempOutFreq
 
int adaptTempFreq
 
BigReal adaptTempTmin
 
BigReal adaptTempTmax
 
BigReal adaptTempAutoDt
 
int adaptTempBins
 
BigReal adaptTempDt
 
BigReal adaptTempCgamma
 
Bool adaptTempLangevin
 
Bool adaptTempRescale
 
char adaptTempInFile [128]
 
char adaptTempRestartFile [128]
 
int adaptTempRestartFreq
 
Bool adaptTempRandom
 
int reassignFreq
 
BigReal reassignTemp
 
BigReal reassignIncr
 
BigReal reassignHold
 
Bool useGroupPressure
 
Bool excludeFromPressure
 
Bool useFlexibleCell
 
Bool useConstantArea
 
Bool useConstantRatio
 
Bool fixCellDims
 
Bool fixCellDimX
 
Bool fixCellDimY
 
Bool fixCellDimZ
 
Bool berendsenPressureOn
 
BigReal berendsenPressureTarget
 
BigReal berendsenPressureCompressibility
 
BigReal berendsenPressureRelaxationTime
 
int berendsenPressureFreq
 
Bool langevinPistonOn
 
Bool langevinPistonBarrier
 
BigReal langevinPistonTarget
 
BigReal langevinPistonPeriod
 
BigReal langevinPistonDecay
 
BigReal langevinPistonTemp
 
Bool multigratorOn
 
BigReal multigratorPressureTarget
 
BigReal multigratorPressureRelaxationTime
 
int multigratorPressureFreq
 
BigReal multigratorTemperatureTarget
 
BigReal multigratorTemperatureRelaxationTime
 
int multigratorTemperatureFreq
 
int multigratorNoseHooverChainLength
 
BigReal surfaceTensionTarget
 
Bool pressureProfileOn
 
int pressureProfileSlabs
 
int pressureProfileFreq
 
int pressureProfileAtomTypes
 
Bool pressureProfileEwaldOn
 
int pressureProfileEwaldX
 
int pressureProfileEwaldY
 
int pressureProfileEwaldZ
 
zVector strainRate
 
zVector strainRate2
 
unsigned int randomSeed
 
Bool FMAOn
 
int FMALevels
 
int FMAMp
 
Bool FMAFFTOn
 
int FMAFFTBlock
 
Bool fullDirectOn
 
Bool MSMOn
 
int MSMQuality
 
int MSMApprox
 
int MSMSplit
 
int MSMLevels
 
int MSMBlockSizeX
 
int MSMBlockSizeY
 
int MSMBlockSizeZ
 
BigReal MSMGridSpacing
 
BigReal MSMPadding
 
BigReal MSMxmin
 
BigReal MSMxmax
 
BigReal MSMymin
 
BigReal MSMymax
 
BigReal MSMzmin
 
BigReal MSMzmax
 
Bool MsmSerialOn
 
Bool FMMOn
 
int FMMLevels
 
BigReal FMMPadding
 
Bool PMEOn
 
BigReal PMETolerance
 
BigReal PMEEwaldCoefficient
 
int PMEInterpOrder
 
int PMEGridSizeX
 
int PMEGridSizeY
 
int PMEGridSizeZ
 
BigReal PMEGridSpacing
 
int PMEProcessors
 
int PMEMinSlices
 
int PMEMinPoints
 
Bool PMEBarrier
 
int PMEPencils
 
int PMEPencilsX
 
int PMEPencilsY
 
int PMEPencilsZ
 
int PMEPencilsYLayout
 
int PMEPencilsXLayout
 
int PMESendOrder
 
Bool PMEOffload
 
Bool useDPME
 
Bool usePMECUDA
 
Bool useCUDA2
 
Bool useOptPME
 
Bool useManyToMany
 
Bool FFTWEstimate
 
Bool FFTWPatient
 
Bool FFTWUseWisdom
 
char FFTWWisdomFile [128]
 
char * FFTWWisdomString
 
Bool minimizeCGOn
 
Bool minVerbose
 
BigReal minTinyStep
 
BigReal minBabyStep
 
BigReal minLineGoal
 
Bool minimizeOn
 
BigReal maximumMove
 
Bool sphericalBCOn
 
zVector sphericalCenter
 
BigReal sphericalBCk1
 
BigReal sphericalBCk2
 
BigReal sphericalBCr1
 
BigReal sphericalBCr2
 
int sphericalBCexp1
 
int sphericalBCexp2
 
Bool cylindricalBCOn
 
zVector cylindricalCenter
 
char cylindricalBCAxis
 
BigReal cylindricalBCr1
 
BigReal cylindricalBCr2
 
BigReal cylindricalBCl1
 
BigReal cylindricalBCl2
 
int cylindricalBCexp1
 
int cylindricalBCexp2
 
BigReal cylindricalBCk1
 
BigReal cylindricalBCk2
 
Bool eFieldOn
 
Bool eFieldNormalized
 
zVector eField
 
BigReal eFieldFreq
 
BigReal eFieldPhase
 
Bool stirOn
 
char stirFilename [128]
 
BigReal stirStartingTheta
 
BigReal stirVel
 
BigReal stirK
 
zVector stirAxis
 
zVector stirPivot
 
Bool extraBondsOn
 
Bool consForceOn
 
char consForceFile [128]
 
BigReal consForceScaling
 
int outputEnergies
 
int outputMomenta
 
int outputTiming
 
int outputCudaTiming
 
int outputPressure
 
Bool mergeCrossterms
 
int firstTimestep
 
MTSChoices MTSAlgorithm
 
int longSplitting
 
Bool ignoreMass
 
int splitPatch
 
BigReal hgroupCutoff
 
int mollyOn
 
BigReal mollyTol
 
int mollyIter
 
int rigidBonds
 
BigReal rigidTol
 
int rigidIter
 
int rigidDie
 
Bool useSettle
 
Bool testOn
 
Bool commOnly
 
Bool statsOn
 
int totalAtoms
 
int maxSelfPart
 
int maxPairPart
 
int numAtomsSelf
 
int numAtomsSelf2
 
int numAtomsPair
 
int numAtomsPair2
 
int minAtomsPerPatch
 
int maxExclusionFlags
 
Bool outputPatchDetails
 
Bool staticAtomAssignment
 
Bool replicaUniformPatchGrids
 
Bool HydrogenBonds
 
Bool useAntecedent
 
int aaAngleExp
 
int haAngleExp
 
int distAttExp
 
int distRepExp
 
BigReal dhaCutoffAngle
 
BigReal dhaOnAngle
 
BigReal dhaOffAngle
 
BigReal daCutoffDist
 
BigReal daOnDist
 
BigReal daOffDist
 
int IMDon
 
int IMDport
 
int IMDfreq
 
int IMDwait
 
int IMDignore
 
Bool amberOn
 
Bool readExclusions
 
BigReal vdwscale14
 
Bool gromacsOn
 
Bool vdwGeometricSigma
 
BigReal scriptArg1
 
BigReal scriptArg2
 
BigReal scriptArg3
 
BigReal scriptArg4
 
BigReal scriptArg5
 
int scriptIntArg1
 
int scriptIntArg2
 
char scriptStringArg1 [128]
 
char scriptStringArg2 [128]
 
Bool useCompressedPsf
 
Bool genCompressedPsf
 
Bool usePluginIO
 
Bool mallocTest
 
Bool printExclusions
 
int proxySendSpanningTree
 
int proxyRecvSpanningTree
 
int proxyTreeBranchFactor
 
int numinputprocs
 
char * binAtomFile
 
char * binCoorFile
 
char * binVelFile
 
char * binRefFile
 
int numoutputprocs
 
int numoutputwrts
 
char computeMapFilename [128]
 
Bool storeComputeMap
 
Bool loadComputeMap
 
int mic_hostSplit
 
int mic_numParts_self_p1
 
int mic_numParts_pair_p1
 
int mic_numParts_pair_p2
 
int mic_unloadMICPEs
 
int mic_deviceThreshold
 
int mic_singleKernel
 

The documentation for this class was generated from the following files: