- a -

• acf_coor : colvar
• acf_notset : colvar
• acf_p2coor : colvar
• acf_vel : colvar

- f -

• f_ag_collect_atom_ids : colvardeps
• f_ag_explicit_gradient : colvardeps
• f_cv_active : colvardeps
• f_cv_apply_force : colvardeps
• f_cv_awake : colvardeps
• f_cv_collect_atom_ids : colvardeps
• f_cv_collect_gradient : colvardeps
• f_cv_corrfunc : colvardeps
• f_cv_custom_function : colvardeps
• f_cv_extended_Lagrangian : colvardeps
• f_cv_external : colvardeps
• f_cv_fdiff_velocity : colvardeps
• f_cv_gradient : colvardeps
• f_cv_grid : colvardeps
• f_cv_hard_lower_boundary : colvardeps
• f_cv_hard_upper_boundary : colvardeps
• f_cv_hide_Jacobian : colvardeps
• f_cv_Jacobian : colvardeps
• f_cv_Langevin : colvardeps
• f_cv_lower_boundary : colvardeps
• f_cv_multiple_ts : colvardeps
• f_cv_ntot : colvardeps
• f_cv_output_applied_force : colvardeps
• f_cv_output_energy : colvardeps
• f_cv_output_total_force : colvardeps
• f_cv_output_value : colvardeps
• f_cv_output_velocity : colvardeps
• f_cv_periodic : colvardeps
• f_cv_reflecting_lower_boundary : colvardeps
• f_cv_reflecting_upper_boundary : colvardeps
• f_cv_runave : colvardeps
• f_cv_scalar : colvardeps
• f_cv_scripted : colvardeps
• f_cv_single_cvc : colvardeps
• f_cv_subtract_applied_force : colvardeps
• f_cv_total_force : colvardeps
• f_cv_total_force_calc : colvardeps
• f_cv_total_force_current_step : colvardeps
• f_cv_upper_boundary : colvardeps
• f_cvb_active : colvardeps
• f_cvb_apply_force : colvardeps
• f_cvb_awake : colvardeps
• f_cvb_bypass_ext_lagrangian : colvardeps
• f_cvb_calc_pmf : colvardeps
• f_cvb_calc_ti_samples : colvardeps
• f_cvb_extended : colvardeps
• f_cvb_get_total_force : colvardeps
• f_cvb_history_dependent : colvardeps
• f_cvb_output_acc_work : colvardeps
• f_cvb_scalar_variables : colvardeps
• f_cvb_scale_biasing_force : colvardeps
• f_cvb_step_zero_data : colvardeps
• f_cvb_time_dependent : colvardeps
• f_cvb_write_ti_pmf : colvardeps
• f_cvb_write_ti_samples : colvardeps
• f_cvc_active : colvardeps
• f_cvc_collect_atom_ids : colvardeps
• f_cvc_com_based : colvardeps
• f_cvc_debug_gradient : colvardeps
• f_cvc_explicit_atom_groups : colvardeps
• f_cvc_explicit_gradient : colvardeps
• f_cvc_gradient : colvardeps
• f_cvc_inv_gradient : colvardeps
• f_cvc_Jacobian : colvardeps
• f_cvc_lower_boundary : colvardeps
• f_cvc_ntot : colvardeps
• f_cvc_one_site_total_force : colvardeps
• f_cvc_pbc_minimum_image : colvardeps
• f_cvc_periodic : colvardeps
• f_cvc_scalable : colvardeps
• f_cvc_scalable_com : colvardeps
• f_cvc_scalar : colvardeps
• f_cvc_upper_boundary : colvardeps
• f_cvc_width : colvardeps

- m -

• multiple_replicas : colvarbias_meta, colvarbias_opes

- p -

• parse_deprecated : colvarparse
• parse_deprecation_warning : colvarparse
• parse_echo : colvarparse
• parse_echo_default : colvarparse
• parse_normal : colvarparse
• parse_null : colvarparse
• parse_override : colvarparse
• parse_required : colvarparse
• parse_restart : colvarparse
• parse_silent : colvarparse

- s -

• single_replica : colvarbias_meta, colvarbias_opes

- t -

• type_3vector : colvarvalue
• type_all : colvarvalue
• type_notset : colvarvalue
• type_quaternion : colvarvalue
• type_quaternionderiv : colvarvalue
• type_scalar : colvarvalue
• type_unit3vector : colvarvalue
• type_unit3vectorderiv : colvarvalue
• type_vector : colvarvalue