Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- c -

• C : colvarmodule::rotation
• c_array() : colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• cached_alch_lambda : colvarproxy_system
• cached_alch_lambda_changed : colvarproxy_system
• calc() : colvar, colvarmodule
• calc_acf() : colvar
• calc_apply_roto_translation() : colvarmodule::atom_group
• calc_biases() : colvarmodule
• calc_biasing_force() : colvarbias_abf
• calc_center_of_geometry() : colvarmodule::atom_group
• calc_center_of_mass() : colvarmodule::atom_group
• calc_colvar_properties() : colvar
• calc_colvars() : colvarmodule
• calc_coor_acf() : colvar
• calc_cvc_gradients() : colvar
• calc_cvc_Jacobians() : colvar
• calc_cvc_total_force() : colvar
• calc_cvc_values() : colvar
• calc_cvcs() : colvar
• calc_derivative_impl() : rotation_derivative< T1, T2 >
• calc_derivative_wrt_group1() : rotation_derivative< T1, T2 >
• calc_derivative_wrt_group2() : rotation_derivative< T1, T2 >
• calc_dipole() : colvarmodule::atom_group
• calc_energy() : colvarbias, colvarbias_abf, colvarbias_meta
• calc_fit_forces() : colvarmodule::atom_group
• calc_fit_forces_impl() : colvarmodule::atom_group
• calc_fit_gradients() : colvar::cvc, colvarmodule::atom_group
• calc_force_invgrads() : colvar::alch_lambda, colvar::angle, colvar::cvc, colvar::dihedral, colvar::distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::rmsd
• calc_forces() : colvarbias, colvarbias_meta
• calc_gradients() : colvar::alch_Flambda, colvar::alpha_angles, colvar::angle, colvar::aspath, colvar::aspathCV, colvar::azpath, colvar::azpathCV, colvar::cartesian, colvar::coordnum, colvar::customColvar, colvar::cvc, colvar::dihedPC, colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::dipole_magnitude, colvar::distance, colvar::distance_dir, colvar::distance_inv, colvar::distance_pairs, colvar::distance_vec, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::eigenvector, colvar::euler_phi, colvar::euler_psi, colvar::euler_theta, colvar::groupcoordnum, colvar::gspath, colvar::gspathCV, colvar::gyration, colvar::gzpath, colvar::gzpathCV, colvar::h_bond, colvar::inertia, colvar::inertia_z, colvar::linearCombination, colvar::map_total, colvar::neuralNetwork, colvar::orientation, colvar::orientation_angle, colvar::orientation_proj, colvar::polar_phi, colvar::polar_theta, colvar::rmsd, colvar::selfcoordnum, colvar::spin_angle, colvar::tilt
• calc_hills() : colvarbias_meta
• calc_hills_force() : colvarbias_meta
• calc_Jacobian_derivative() : colvar::alch_lambda, colvar::angle, colvar::cvc, colvar::dihedral, colvar::distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::rmsd
• calc_optimal_rotation() : colvarmodule::rotation
• calc_optimal_rotation_impl() : colvarmodule::rotation
• calc_p2coor_acf() : colvar
• calc_required_properties() : colvarmodule::atom_group
• calc_runave() : colvar
• calc_scripted_forces() : colvarmodule
• calc_value() : colvar::alch_Flambda, colvar::alch_lambda, colvar::alpha_angles, colvar::angle, colvar::aspath, colvar::aspathCV, colvar::azpath, colvar::azpathCV, colvar::cartesian, colvar::CartesianBasedPath, colvar::coordnum, colvar::customColvar, colvar::CVBasedPath, colvar::cvc, colvar::dihedPC, colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::dipole_magnitude, colvar::distance, colvar::distance_dir, colvar::distance_inv, colvar::distance_pairs, colvar::distance_vec, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::eigenvector, colvar::euler_phi, colvar::euler_psi, colvar::euler_theta, colvar::groupcoordnum, colvar::gspath, colvar::gspathCV, colvar::gyration, colvar::gzpath, colvar::gzpathCV, colvar::h_bond, colvar::inertia, colvar::inertia_z, colvar::linearCombination, colvar::map_total, colvar::neuralNetwork, colvar::orientation, colvar::orientation_angle, colvar::orientation_proj, colvar::polar_phi, colvar::polar_theta, colvar::rmsd, colvar::selfcoordnum, colvar::spin_angle, colvar::tilt, colvar::torchANN
• calc_vel_acf() : colvar
• can_accumulate_data() : colvarbias
• cap_force : colvarbias_abf
• catch_input_errors() : colvarmodule
• center() : colvarbias_meta::hill
• center_of_geometry() : colvarmodule::atom_group
• center_of_mass() : colvarmodule::atom_group
• center_of_mass_scalar_gradient() : colvarmodule::atom_group
• center_ref_pos() : colvarmodule::atom_group
• centers : colvarbias_meta::hill
• centers_incr : colvarbias_restraint_centers_moving
• change_configuration() : colvarbias, colvarbias_restraint, colvarbias_restraint_centers, colvarbias_restraint_centers_moving, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint_k, colvarbias_restraint_k_moving, colvarbias_restraint_linear, colvarmodule
• charge : colvarmodule::atom
• check_ascii() : colvarparse
• check_atom_id() : colvarproxy_atoms, colvarproxy_lammps, colvarproxy_namd, colvarproxy_vmd
• check_atom_name_selections_available() : colvarproxy_atoms, colvarproxy_namd, colvarproxy_vmd
• check_bias_cmd_nargs() : colvarscript
• check_braces() : colvarparse
• check_cmd_nargs() : colvarscript
• check_colvar_cmd_nargs() : colvarscript
• check_consistency() : colvar_grid< T >
• check_cvc_range() : colvar
• check_enabled() : colvardeps
• check_grid_parameters() : colvar
• check_keywords() : colvarparse
• check_matching_state() : colvar, colvarbias
• check_module_cmd_nargs() : colvarscript
• check_new_bias() : colvarmodule
• check_positive_k : colvarbias_restraint_k
• check_replicas_enabled() : colvarproxy_namd, colvarproxy_replicas
• check_smp_enabled() : colvarproxy_smp
• check_types() : colvarvalue
• check_types_assign() : colvarvalue
• check_volmap_by_id() : colvarproxy_namd, colvarproxy_vmd, colvarproxy_volmaps
• check_volmap_by_name() : colvarproxy_namd, colvarproxy_volmaps
• check_volmaps_available() : colvarproxy_namd, colvarproxy_vmd, colvarproxy_volmaps
• children : colvardeps
• cite_feature() : colvarmodule, colvarmodule::usage
• cite_paper() : colvarmodule::usage
• clear() : colvarbias, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarparse, cvm::memory_stream
• clear_atom() : colvarproxy_atoms, colvarproxy_namd
• clear_atom_group() : colvarproxy_atom_groups, colvarproxy_namd
• clear_error_msgs() : colvarproxy
• clear_keyword_registry() : colvarparse
• clear_state_data() : colvarbias, colvarbias_meta
• clear_str_result() : colvarscript
• clear_volmap() : colvarproxy_namd, colvarproxy_vmd, colvarproxy_volmaps
• close_input_stream() : colvarproxy_io
• close_input_streams() : colvarproxy_io
• close_output_stream() : colvarproxy_io, colvarproxy_namd
• close_output_streams() : colvarproxy_io, colvarproxy_namd
• close_traj_file() : colvarmodule
• cmd_arg_shift() : colvarscript
• cmd_arghelp : colvarscript
• cmd_fns : colvarscript
• cmd_full_help : colvarscript
• cmd_help : colvarscript
• cmd_n_args_max : colvarscript
• cmd_n_args_min : colvarscript
• cmd_names : colvarscript
• cmd_rethelp : colvarscript
• cmd_str_map : colvarscript
• cmdline_main_cmd_ : colvarscript
• cog : colvarmodule::atom_group
• cog_orig : colvarmodule::atom_group
• collect_cvc_data() : colvar
• collect_cvc_gradients() : colvar
• collect_cvc_Jacobians() : colvar
• collect_cvc_total_forces() : colvar
• collect_cvc_values() : colvar
• collect_gradients() : colvar::alpha_angles, colvar::cvc, colvar::dihedPC
• colvar() : colvar
• colvar_array_size : colvarbias_histogram
• colvar_by_name() : colvarmodule
• colvar_centers : colvarbias_alb, colvarbias_restraint_centers
• colvar_forces : colvarbias
• colvar_grid() : colvar_grid< T >
• colvar_grid_count() : colvar_grid_count
• colvar_grid_gradient() : colvar_grid_gradient
• colvar_grid_scalar() : colvar_grid_scalar
• colvar_sigmas : colvarbias_meta
• colvar_values : colvarbias
• colvarbias() : colvarbias
• colvarbias_abf() : colvarbias_abf
• colvarbias_opes() : colvarbias_opes
• colvarbias_restraint() : colvarbias_restraint
• colvarmodule() : colvarmodule
• colvarparams() : colvarparams
• colvarparse() : colvarparse
• colvarproxy() : colvarproxy
• colvarproxy_atom_groups() : colvarproxy_atom_groups
• colvarproxy_atoms() : colvarproxy_atoms
• colvarproxy_io() : colvarproxy_io
• colvarproxy_replicas() : colvarproxy_replicas
• colvarproxy_script() : colvarproxy_script
• colvarproxy_smp() : colvarproxy_smp
• colvarproxy_system() : colvarproxy_system
• colvarproxy_tcl() : colvarproxy_tcl
• colvarproxy_vmd() : colvarproxy_vmd
• colvarproxy_volmaps() : colvarproxy_volmaps
• colvars : colvarbias, colvarmodule, colvarproxy
• colvars_active : colvarmodule
• colvars_smp : colvarmodule
• colvars_smp_items : colvarmodule
• colvarvalue() : colvarvalue
• com : colvarmodule::atom_group
• comm : colvarbias_meta, colvarbias_opes
• command : colvarscript
• communicate_forces() : colvar, colvarbias
• Communication : colvarbias_meta, colvarbias_opes
• comp_atoms : colvar::CartesianBasedPath
• compare_cvc() : colvar
• compute() : neuralnetworkCV::denseLayer, neuralnetworkCV::neuralNetworkCompute
• compute_coordnum() : colvar::coordnum
• compute_cumulant_expansion_factor() : colvarbias_reweightaMD
• compute_max_atom_groups_applied_force() : colvarproxy_atom_groups
• compute_max_atoms_applied_force() : colvarproxy_atoms
• compute_max_volmaps_applied_force() : colvarproxy_volmaps
• compute_overlap_matrix() : colvarmodule::rotation
• compute_rms_atom_groups_applied_force() : colvarproxy_atom_groups
• compute_rms_atoms_applied_force() : colvarproxy_atoms
• compute_rms_volmaps_applied_force() : colvarproxy_volmaps
• compute_selfcoordnum() : colvar::selfcoordnum
• compute_volmap() : colvarproxy_namd, colvarproxy_vmd, colvarproxy_volmaps
• computeDistanceBetweenReferenceFrames() : colvar::CVBasedPath
• computeGradient() : neuralnetworkCV::denseLayer
• computeGradientElement() : neuralnetworkCV::denseLayer
• config_changed() : colvarmodule
• config_key : colvar::cvc
• config_queue_ : colvarproxy
• config_string : colvarmodule, colvarparse
• conjugate() : colvarmodule::quaternion
• controller : colvarproxy_namd
• copy_grid() : colvar_grid< T >
• cos() : colvarmodule
• cos_theta() : colvarmodule::rotation
• cosine() : colvarmodule::quaternion
• coupling_accum : colvarbias_alb
• coupling_rate : colvarbias_alb
• create_sorted_ids() : colvarmodule::atom_group
• crossing_threshold : colvarmodule::rotation
• current_bin() : colvarbias, colvarbias_abf
• current_bin_flat_bound() : colvar_grid< T >
• current_bin_scalar() : colvar_grid< T >
• current_bin_scalar_bound() : colvar_grid< T >
• current_bin_scalar_fraction() : colvar_grid< T >
• current_coupling : colvarbias_alb
• cv : colvar::CVBasedPath, colvar::linearCombination, colvar_grid< T >
• cv_features : colvar
• cv_prec : colvarmodule
• cv_traj_freq : colvarmodule
• cv_traj_name : colvarmodule
• cv_traj_write_labels : colvarmodule
• cv_width : colvarmodule
• cvb_features : colvarbias
• cvc() : colvar::cvc
• cvc_features : colvar::cvc
• cvc_flags : colvar
• cvc_param_exists() : colvar
• cvcs : colvar
• cvm_output_prefix : colvarmodule
• czar_gradients : colvarbias_abf
• czar_pmf : colvarbias_abf