- a -

• acc_force() : colvar_grid_gradient
• acc_value() : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar
• acos() : colvarmodule
• actual_value() : colvar
• add_atom() : colvarmodule::atom_group
• add_atom_force() : colvarmodule::atom_group::group_force_object
• add_atom_group_slot() : colvarproxy_atom_groups
• add_atom_id() : colvarmodule::atom_group
• add_atom_slot() : colvarproxy_atoms
• add_bias_force() : colvar
• add_bias_force_actual_value() : colvar
• add_colvar() : colvarbias
• add_component_type() : colvar
• add_config() : colvarproxy
• add_constant() : colvar_grid< T >
• add_elem() : colvarvalue
• add_energy() : colvarproxy_lammps, colvarproxy_namd, colvarproxy_system, colvarproxy_vmd
• add_error_msg() : colvarproxy, colvarscript
• add_grid() : colvar_grid< T >
• add_hill() : colvarbias_meta
• add_keyword() : colvarparse
• add_volmap_slot() : colvarproxy_volmaps
• address() : colvar_grid< T >
• analyze() : colvar, colvarbias, colvarmodule
• angle() : colvar::angle
• angstrom_to_internal() : colvarproxy_system
• append_new_config() : colvarmodule
• applied_force() : colvar
• apply_atom_force() : colvarproxy_atoms
• apply_atom_group_force() : colvarproxy_atom_groups
• apply_colvar_force() : colvarmodule::atom_group
• apply_constraints() : colvarvalue
• apply_force() : colvar::alch_Flambda, colvar::alch_lambda, colvar::alpha_angles, colvar::aspath, colvar::aspathCV, colvar::azpath, colvar::azpathCV, colvar::cartesian, colvar::CartesianBasedPath, colvar::customColvar, colvar::CVBasedPath, colvar::cvc, colvar::dihedPC, colvar::distance_dir, colvar::distance_pairs, colvar::distance_vec, colvar::gspath, colvar::gspathCV, colvar::gzpath, colvar::gzpathCV, colvar::linearCombination, colvar::map_total, colvar::neuralNetwork, colvar::orientation, colvar::orientation_angle, colvarmodule::atom, colvarmodule::atom_group
• apply_force_dE_dlambda() : colvarproxy_system
• apply_translation() : colvarmodule::atom_group
• apply_volmap_force() : colvarproxy_volmaps
• asin() : colvarmodule
• atan2() : colvarmodule
• atimes() : integrate_potential
• atom() : colvarmodule::atom
• atom_group() : colvarmodule::atom_group
• atom_group_by_name() : colvarmodule
• average() : colvar_grid_gradient