Collective Variables Module - Developer Documentation
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c_array() :
colvarmodule::matrix2d< T >
,
colvarmodule::vector1d< T >
calc() :
colvar
,
colvarmodule
calc_acf() :
colvar
calc_apply_roto_translation() :
colvarmodule::atom_group
calc_biases() :
colvarmodule
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colvarbias_abf
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colvarmodule::atom_group
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colvarmodule::atom_group
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colvar
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colvarmodule
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colvar
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colvar
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colvar
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colvar
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colvar
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colvar
calc_derivative_impl() :
rotation_derivative< T1, T2 >
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rotation_derivative< T1, T2 >
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rotation_derivative< T1, T2 >
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colvarmodule::atom_group
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colvarbias
,
colvarbias_abf
,
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colvarmodule::atom_group
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colvarmodule::atom_group
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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colvarbias_meta
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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colvarmodule::rotation
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colvarmodule::rotation
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colvar
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colvarmodule::atom_group
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colvar
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colvarmodule
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colvar::alch_Flambda
,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
colvar::torchANN
calc_vel_acf() :
colvar
can_accumulate_data() :
colvarbias
catch_input_errors() :
colvarmodule
center() :
colvarbias_meta::hill
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colvarmodule::atom_group
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colvarmodule::atom_group
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colvarbias
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,
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,
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,
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,
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,
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,
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,
colvarmodule
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colvarparse
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,
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,
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,
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colvarproxy_atoms
,
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,
colvarproxy_vmd
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colvarscript
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colvarparse
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colvarscript
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colvarscript
check_consistency() :
colvar_grid< T >
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colvar
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colvardeps
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colvar
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colvarparse
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colvar
,
colvarbias
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colvarscript
check_new_bias() :
colvarmodule
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colvarproxy_namd
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colvarproxy_replicas
check_smp_enabled() :
colvarproxy_smp
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colvarvalue
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colvarvalue
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colvarproxy_namd
,
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,
colvarproxy_volmaps
check_volmap_by_name() :
colvarproxy_namd
,
colvarproxy_volmaps
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colvarproxy_namd
,
colvarproxy_vmd
,
colvarproxy_volmaps
cite_feature() :
colvarmodule
,
colvarmodule::usage
cite_paper() :
colvarmodule::usage
clear() :
colvarbias
,
colvarmodule::matrix2d< T >
,
colvarparse
,
cvm::memory_stream
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colvarproxy_atoms
,
colvarproxy_namd
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colvarproxy_atom_groups
,
colvarproxy_namd
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colvarproxy
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colvarparse
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colvarbias
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colvarscript
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colvarproxy_namd
,
colvarproxy_vmd
,
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colvarproxy_io
close_input_streams() :
colvarproxy_io
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colvarproxy_io
,
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close_output_streams() :
colvarproxy_io
,
colvarproxy_namd
close_traj_file() :
colvarmodule
cmd_arg_shift() :
colvarscript
collect_cvc_data() :
colvar
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colvar
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colvar
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colvar
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colvar
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,
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colvar::dihedPC
colvar() :
colvar
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colvarmodule
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colvar_grid< T >
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colvar_grid_count
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colvarbias
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colvarbias_opes
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colvarbias_restraint
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colvarmodule
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colvarparams
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colvarparse
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colvarproxy
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colvarproxy_io
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colvarproxy_replicas
colvarproxy_script() :
colvarproxy_script
colvarproxy_smp() :
colvarproxy_smp
colvarproxy_system() :
colvarproxy_system
colvarproxy_tcl() :
colvarproxy_tcl
colvarproxy_vmd() :
colvarproxy_vmd
colvarproxy_volmaps() :
colvarproxy_volmaps
colvarvalue() :
colvarvalue
communicate_forces() :
colvar
,
colvarbias
compare_cvc() :
colvar
compute() :
neuralnetworkCV::denseLayer
,
neuralnetworkCV::neuralNetworkCompute
compute_coordnum() :
colvar::coordnum
compute_cumulant_expansion_factor() :
colvarbias_reweightaMD
compute_max_atom_groups_applied_force() :
colvarproxy_atom_groups
compute_max_atoms_applied_force() :
colvarproxy_atoms
compute_max_volmaps_applied_force() :
colvarproxy_volmaps
compute_overlap_matrix() :
colvarmodule::rotation
compute_rms_atom_groups_applied_force() :
colvarproxy_atom_groups
compute_rms_atoms_applied_force() :
colvarproxy_atoms
compute_rms_volmaps_applied_force() :
colvarproxy_volmaps
compute_selfcoordnum() :
colvar::selfcoordnum
compute_volmap() :
colvarproxy_namd
,
colvarproxy_vmd
,
colvarproxy_volmaps
computeDistanceBetweenReferenceFrames() :
colvar::CVBasedPath
computeGradient() :
neuralnetworkCV::denseLayer
computeGradientElement() :
neuralnetworkCV::denseLayer
config_changed() :
colvarmodule
conjugate() :
colvarmodule::quaternion
copy_grid() :
colvar_grid< T >
cos() :
colvarmodule
cos_theta() :
colvarmodule::rotation
cosine() :
colvarmodule::quaternion
create_sorted_ids() :
colvarmodule::atom_group
current_bin() :
colvarbias
,
colvarbias_abf
current_bin_flat_bound() :
colvar_grid< T >
current_bin_scalar() :
colvar_grid< T >
current_bin_scalar_bound() :
colvar_grid< T >
current_bin_scalar_fraction() :
colvar_grid< T >
cvc() :
colvar::cvc
cvc_param_exists() :
colvar
Generated on Mon Dec 23 2024 17:18:11 for Collective Variables Module - Developer Documentation by
1.9.5