Collective Variables Module - Developer Documentation
Class Index
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  a  
colvarbias_restraint_histogram   colvar::dihedral   
  i  
colvarmodule::rmatrix   
colvarbias_restraint_k   colvar::dipole_angle   colvar::rmsd   
colvar::alpha_angles   colvarbias_restraint_k_moving   colvar::distance   colvar::inertia   colvarmodule::rotation   
colvar::angle   colvarbias_restraint_linear   colvar::distance_dir   colvar::inertia_z   colvarmodule::matrix2d::row   
colvarmodule::atom   colvarbias_restraint_moving   colvar::distance_inv   
  m  
colvarmodule::rvector   
colvarmodule::atom_group   colvarbias_ti   colvar::distance_pairs   
  s  
  c  
colvardeps   colvar::distance_vec   colvarmodule::matrix2d   
colvarmodule   colvar::distance_xy   
  n  
ScriptTcl   
colvar::cartesian   colvarparse   colvar::distance_z   colvar::selfcoordnum   
colvar   colvarproxy   
  e  
n_matrix (UIestimator)   SimParameters   
colvar_grid   colvarproxy_atom_groups   n_vector (UIestimator)   colvar::spin_angle   
colvar_grid_count   colvarproxy_atoms   colvar::eigenvector   
  o  
  t  
colvar_grid_gradient   colvarproxy_io   
  f  
colvar_grid_scalar   colvarproxy_namd   colvar::orientation   colvar::tilt   
colvarbias   colvarproxy_replicas   colvardeps::feature   colvar::orientation_angle   
  u  
colvarbias_abf   colvarproxy_script   colvardeps::feature_state   colvar::orientation_proj   
colvarbias_alb   colvarproxy_smp   
  g  
  p  
UIestimator (UIestimator)   
colvarbias_histogram   colvarproxy_system   
  v  
colvarbias_meta   colvarproxy_vmd   colvar::groupcoordnum   colvar::polar_phi   
colvarbias_restraint   colvarscript   colvar::gyration   colvar::polar_theta   colvarmodule::vector1d   
colvarbias_restraint_centers   colvarvalue   
  h  
  q  
colvarbias_restraint_centers_moving   colvar::coordnum   
colvarbias_restraint_harmonic   colvar::cvc   colvar::h_bond   colvarmodule::quaternion   
colvarbias_restraint_harmonic_walls   
  d  
colvarbias_meta::hill   
  r  
colvar::dihedPC   colvarparse::read_block   
a | c | d | e | f | g | h | i | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v