Class Index

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A

colvar::alch_Flambda

colvar::alch_lambda

colvar::alpha_angles

colvar::angle

ArithmeticPathBase (ArithmeticPathCV)

ArithmeticPathImpl

colvar::aspath

colvar::aspathCV

colvarmodule::atom

colvarmodule::atom_group

colvar::azpath

colvar::azpathCV

C

colvar::cartesian

colvar::CartesianBasedPath

colvar

colvar_grid

colvar_grid_count

colvar_grid_gradient

colvar_grid_scalar

colvarbias

colvarbias_abf

colvarbias_alb

colvarbias_histogram

colvarbias_meta

colvarbias_restraint

colvarbias_restraint_centers

colvarbias_restraint_centers_moving

colvarbias_restraint_harmonic

colvarbias_restraint_harmonic_walls

colvarbias_restraint_histogram

colvarbias_restraint_k

colvarbias_restraint_k_moving

colvarbias_restraint_linear

colvarbias_restraint_moving

colvarbias_reweightaMD

colvarbias_ti

colvardeps

colvarmodule

colvarparams

colvarparse

colvarproxy

colvarproxy_atom_groups

colvarproxy_atoms

colvarproxy_io

colvarproxy_lammps

colvarproxy_namd

colvarproxy_replicas

colvarproxy_script

colvarproxy_smp

colvarproxy_system

colvarproxy_tcl

colvarproxy_vmd

colvarproxy_volmaps

colvarscript

colvarvalue

commdata (LAMMPS_NS)

colvar::coordnum

colvar::customColvar

colvar::CVBasedPath

colvar::cvc

D

denseLayer (neuralnetworkCV)

colvar::dihedPC

colvar::dihedral

colvar::dipole_angle

colvar::dipole_magnitude

colvar::distance

colvar::distance_dir

colvar::distance_inv

colvar::distance_pairs

colvar::distance_vec

colvar::distance_xy

colvar::distance_z

GeometricPathBase::doCompareFrameDistance (GeometricPathCV)

E

colvar::eigenvector

colvar::euler_phi

colvar::euler_psi

colvar::euler_theta

F

colvardeps::feature

colvardeps::feature_state

FixColvars (LAMMPS_NS)

G

GeometricPathBase (GeometricPathCV)

colvar::groupcoordnum

colvar::gspath

colvar::gspathCV

colvar::gyration

colvar::gzpath

colvar::gzpathCV

H

colvar::h_bond

colvarbias_meta::hill

I

colvar::inertia

colvar::inertia_z

integrate_potential

inthash_node_t (IntHash_NS)

inthash_t (IntHash_NS)

L

colvar::linearCombination

M

colvar::map_total

colvarmodule::matrix2d

memory_stream (cvm)

N

n_matrix (UIestimator)

n_vector (UIestimator)

colvar::neuralNetwork

neuralNetworkCompute (neuralnetworkCV)

O

colvar::orientation

colvar::orientation_angle

colvar::orientation_proj

P

colvar::polar_phi

colvar::polar_theta

Q

colvarmodule::quaternion

R

colvarparse::read_block

colvarmodule::rmatrix

colvar::rmsd

colvarmodule::rotation

rotation_derivative

colvar::orientation::rotation_derivative_impl_

colvarmodule::matrix2d::row

colvarmodule::rvector

S

colvar::selfcoordnum

colvar::spin_angle

T

colvar::tilt

U

UIestimator (UIestimator)

colvarmodule::usage

V

colvarmodule::vector1d