Collective Variables Module - Developer Documentation
Loading...
Searching...
No Matches
- r -
rand_gaussian() :
colvarmodule
,
colvarproxy_lammps
,
colvarproxy_namd
,
colvarproxy_system
,
colvarproxy_vmd
raw_data_in() :
colvar_grid< T >
raw_data_num() :
colvar_grid< T >
raw_data_out() :
colvar_grid< T >
rdstate() :
cvm::memory_stream
read_block_contents() :
colvarparse::read_block
read_colvar() :
colvarmodule
read_config_file() :
colvarmodule
read_config_line() :
colvarparse
read_config_string() :
colvarmodule
read_data() :
colvar::cvc
read_from_stream_template_() :
colvarvalue
read_gradients_samples() :
colvarbias_abf
read_hill() :
colvarbias_meta
read_index_file() :
colvarmodule
read_multicol() :
colvar_grid< T >
,
colvar_grid_count
,
colvar_grid_gradient
,
colvar_grid_scalar
read_object() :
cvm::memory_stream
read_objects_state() :
colvarmodule
read_position() :
colvarmodule::atom
read_positions() :
colvarmodule::atom_group
read_raw() :
colvar_grid< T >
,
colvar_grid_count
,
colvar_grid_gradient
,
colvar_grid_scalar
read_replica_files() :
colvarbias_meta
read_restart() :
colvar_grid< T >
,
colvar_grid_count
,
colvar_grid_gradient
,
colvar_grid_scalar
read_state() :
colvar
,
colvarbias
,
colvarmodule
read_state_data() :
colvarbias
,
colvarbias_abf
,
colvarbias_histogram
,
colvarbias_meta
,
colvarbias_opes
,
colvarbias_reweightaMD
,
colvarbias_ti
read_state_data_key() :
colvarbias
read_state_data_key_template_() :
colvarbias
read_state_data_template_() :
colvarbias_abf
read_state_prefix() :
colvarbias
read_state_string() :
colvarbias
read_state_template_() :
colvarbias
read_total_force() :
colvarmodule::atom
read_total_forces() :
colvarmodule::atom_group
read_traj() :
colvar
,
colvarmodule
read_vector() :
cvm::memory_stream
read_velocities() :
colvarmodule::atom_group
read_velocity() :
colvarmodule::atom
readFromFile() :
neuralnetworkCV::denseLayer
rebin_grids_after_restart() :
colvarbias_meta
recount_hills_off_grid() :
colvarbias_meta
register_atom_group() :
colvar::cvc
register_named_atom_group() :
colvarmodule
register_param() :
colvarparams
register_param_grad() :
colvarparams
remove_all_children() :
colvardeps
remove_atom() :
colvarmodule::atom_group
remove_file() :
colvarproxy_io
remove_small_values() :
colvar_grid< T >
rename_file() :
colvarproxy_io
reopen_replica_buffer_file() :
colvarbias_meta
replica_comm_barrier() :
colvarproxy_namd
,
colvarproxy_replicas
replica_comm_recv() :
colvarproxy_namd
,
colvarproxy_replicas
replica_comm_send() :
colvarproxy_namd
,
colvarproxy_replicas
replica_index() :
colvarproxy_namd
,
colvarproxy_replicas
replica_share_freq() :
colvarbias
,
colvarbias_abf
,
colvarbias_meta
report() :
colvarmodule::usage
request_actual_value() :
colvar_grid< T >
request_alch_energy_freq() :
colvarproxy_namd
,
colvarproxy_system
request_deletion() :
colvarproxy
,
colvarproxy_vmd
request_total_force() :
colvarmodule
,
colvarproxy_lammps
,
colvarproxy_namd
,
colvarproxy_system
,
colvarproxy_vmd
require_feature_alt() :
colvardeps
require_feature_children() :
colvardeps
require_feature_self() :
colvardeps
reset() :
colvar_grid< T >
,
colvarbias
,
colvarmodule::matrix2d< T >
,
colvarmodule::quaternion
,
colvarmodule
,
colvarmodule::rvector
,
colvarmodule::vector1d< T >
,
colvarproxy
,
colvarproxy_atom_groups
,
colvarproxy_atoms
,
colvarproxy_namd
,
colvarproxy_volmaps
,
colvarvalue
reset_atoms_data() :
colvarmodule::atom_group
reset_bias_force() :
colvar
reset_data() :
colvarmodule::atom
reset_index_groups() :
colvarmodule
reset_modified_atom_list() :
colvarproxy_atoms
reset_pbc_lattice() :
colvarproxy_system
reset_rotation() :
colvarmodule::quaternion
resize() :
colvarmodule::matrix2d< T >
restart_output_prefix() :
colvarproxy_io
restart_version() :
colvarmodule
restart_version_number() :
colvarmodule
restore_children_deps() :
colvardeps
restraint_convert_k() :
colvarbias_alb
restraint_force() :
colvarbias_alb
,
colvarbias_restraint
,
colvarbias_restraint_harmonic
,
colvarbias_restraint_harmonic_walls
,
colvarbias_restraint_linear
restraint_potential() :
colvarbias_restraint
,
colvarbias_restraint_harmonic
,
colvarbias_restraint_harmonic_walls
,
colvarbias_restraint_linear
rmatrix() :
colvarmodule::rmatrix
rms_atom_groups_applied_force() :
colvarproxy_atom_groups
rms_atoms_applied_force() :
colvarproxy_atoms
rotate() :
colvarmodule::quaternion
,
colvarmodule::rotation
rotation() :
colvarmodule::rotation
rotation_derivative() :
rotation_derivative< T1, T2 >
rotation_matrix() :
colvarmodule::quaternion
run() :
colvarscript
run_ave() :
colvar
run_force_callback() :
colvarproxy_namd
,
colvarproxy_script
,
colvarproxy_vmd
run_tcl_script() :
colvarmodule
Generated on Mon Dec 23 2024 17:18:11 for Collective Variables Module - Developer Documentation by
1.9.5