- s -

• scalable_group_coms() : colvarproxy_atom_groups, colvarproxy_namd
• scale() : colvarbias_meta::hill
• script_obj_to_str() : colvarproxy_lammps
• script_obj_to_str_vector() : colvarproxy_lammps
• seekg() : cvm::memory_stream
• send_alch_lambda() : colvarproxy_namd, colvarproxy_system, colvarproxy_vmd
• set() : colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• set_alch_lambda() : colvarproxy_system
• set_cmdline_main_cmd() : colvarscript
• set_cvc_flags() : colvar
• set_cvc_param() : colvar
• set_default_restart_frequency() : colvarproxy_io
• set_div() : integrate_potential
• set_dummy() : colvarmodule::atom_group
• set_dummy_pos() : colvarmodule::atom_group
• set_elem() : colvarvalue
• set_enabled() : colvardeps
• set_frame() : colvarproxy_io, colvarproxy_vmd
• set_from_euler_angles() : colvarmodule::quaternion
• set_function_type() : colvar::cvc
• set_initial_step() : colvarmodule
• set_input_prefix() : colvarproxy_io
• set_input_state_buffer() : colvarmodule
• set_integration_timestep() : colvarproxy_system
• set_ones() : colvarvalue
• set_output_prefix() : colvarproxy_io
• set_param() : colvar::cvc, colvarparams
• set_random() : colvarvalue
• set_random_seed() : colvarproxy_lammps
• set_replicas_mpi_communicator() : colvarproxy_replicas
• set_restart_output_prefix() : colvarproxy_io
• set_result_colvarvalue() : colvarscript
• set_result_colvarvalue_vec() : colvarscript
• set_result_int() : colvarscript
• set_result_int_vec() : colvarscript
• set_result_long_int() : colvarscript
• set_result_long_int_vec() : colvarscript
• set_result_real() : colvarscript
• set_result_real_vec() : colvarscript
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• set_result_str() : colvarscript
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• set_result_text_from_str() : colvarscript
• set_sizes() : colvar_grid< T >
• set_state_params() : colvar, colvarbias, colvarbias_abmd, colvarbias_alb, colvarbias_meta, colvarbias_restraint, colvarbias_ti
• set_string() : colvarparse
• set_target_temperature() : colvarproxy_system
• set_tcl_interp() : colvarproxy_tcl
• set_thermostat_temperature() : LAMMPS_NS::FixColvars
• set_unit_system() : colvarproxy_lammps, colvarproxy_namd, colvarproxy_system, colvarproxy_vmd
• set_value() : colvar::cvc, colvar_grid< T >
• set_weighted_gradient() : colvarmodule::atom_group
• set_zero_minimum() : integrate_potential
• setActivationFunction() : neuralnetworkCV::denseLayer
• setf() : cvm::memory_stream
• setstate() : cvm::memory_stream
• setup() : colvar::cvc, colvar, colvar_grid< T >, colvarmodule::atom_group, colvarproxy, colvarproxy_lammps, colvarproxy_namd, colvarproxy_vmd
• setup_input() : colvarmodule
• setup_io() : LAMMPS_NS::FixColvars
• setup_output() : colvarbias, colvarbias_meta, colvarmodule
• simulation_continuing() : colvarproxy
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• sizes() : colvar_grid< T >
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• sorted_ids() : colvarmodule::atom_group
• sorted_ids_map() : colvarmodule::atom_group
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• sqrt() : colvarmodule
• state_file_prefix() : colvarmodule
• step_absolute() : colvarmodule
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• sum() : colvarvalue
• switching_function() : colvar::coordnum