Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- r -

• r0 : colvar::alpha_angles, colvar::coordnum, colvar::groupcoordnum, colvar::h_bond, colvar::selfcoordnum
• r0_vec : colvar::coordnum, colvar::groupcoordnum
• r12 : colvar::dihedral
• r21 : colvar::angle, colvar::dipole_angle
• r21l : colvar::angle, colvar::dipole_angle
• rand_gaussian() : colvarmodule, colvarproxy_lammps, colvarproxy_namd, colvarproxy_system, colvarproxy_vmd
• random : colvarproxy_namd
• rank : colvarbias
• raw_data_in() : colvar_grid< T >
• raw_data_num() : colvar_grid< T >
• raw_data_out() : colvar_grid< T >
• rdstate() : cvm::memory_stream
• read_block_contents() : colvarparse::read_block
• read_colvar() : colvarmodule
• read_config_file() : colvarmodule
• read_config_line() : colvarparse
• read_config_string() : colvarmodule
• read_data() : colvar::cvc
• read_from_stream_template_() : colvarvalue
• read_gradients_samples() : colvarbias_abf
• read_hill() : colvarbias_meta
• read_index_file() : colvarmodule
• read_multicol() : colvar_grid< T >, colvar_grid_count, colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar
• read_object() : cvm::memory_stream
• read_objects_state() : colvarmodule
• read_pos_ : cvm::memory_stream
• read_position() : colvarmodule::atom
• read_positions() : colvarmodule::atom_group
• read_raw() : colvar_grid< T >, colvar_grid_count, colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar
• read_replica_files() : colvarbias_meta
• read_restart() : colvar_grid< T >, colvar_grid_count, colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar
• read_state() : colvar, colvarbias, colvarmodule
• read_state_data() : colvarbias, colvarbias_abf, colvarbias_histogram, colvarbias_meta, colvarbias_opes, colvarbias_reweightaMD, colvarbias_ti
• read_state_data_key() : colvarbias
• read_state_data_key_template_() : colvarbias
• read_state_data_template_() : colvarbias_abf
• read_state_prefix() : colvarbias
• read_state_string() : colvarbias
• read_state_template_() : colvarbias
• read_total_force() : colvarmodule::atom
• read_total_forces() : colvarmodule::atom_group
• read_traj() : colvar, colvarmodule
• read_vector() : cvm::memory_stream
• read_velocities() : colvarmodule::atom_group
• read_velocity() : colvarmodule::atom
• readFromFile() : neuralnetworkCV::denseLayer
• real : colvarmodule
• real_value : colvarvalue
• rebin_grids : colvarbias_meta
• rebin_grids_after_restart() : colvarbias_meta
• reciprocal_cell_x : colvarproxy_system
• recount_hills_off_grid() : colvarbias_meta
• reduction : colvarproxy_namd
• ref1 : colvar::distance_z
• ref2 : colvar::distance_z
• ref_count : colvardeps::feature_state
• ref_cv : colvar::CVBasedPath
• ref_initialized : colvarbias_abmd
• ref_p : colvarbias_restraint_histogram
• ref_pos : colvar::eigenvector, colvar::orientation, colvar::rmsd, colvarmodule::atom_group
• ref_pos_cog : colvarmodule::atom_group
• ref_quat : colvar::orientation
• ref_val : colvarbias_abmd
• reference_frames : colvar::CartesianBasedPath
• register_atom_group() : colvar::cvc
• register_named_atom_group() : colvarmodule
• register_param() : colvarparams
• register_param_grad() : colvarparams
• remove_all_children() : colvardeps
• remove_atom() : colvarmodule::atom_group
• remove_file() : colvarproxy_io
• remove_small_values() : colvar_grid< T >
• rename_file() : colvarproxy_io
• reopen_replica_buffer_file() : colvarbias_meta
• replica : colvarbias_meta::hill
• replica_comm_barrier() : colvarproxy_namd, colvarproxy_replicas
• replica_comm_recv() : colvarproxy_namd, colvarproxy_replicas
• replica_comm_send() : colvarproxy_namd, colvarproxy_replicas
• replica_file_name : colvarbias_meta
• replica_hills_file : colvarbias_meta
• replica_hills_file_pos : colvarbias_meta
• replica_id : colvarbias_meta, colvarbias_opes
• replica_index() : colvarproxy_namd, colvarproxy_replicas
• replica_list_file : colvarbias_meta
• replica_share_freq() : colvarbias, colvarbias_abf, colvarbias_meta
• replica_state_file : colvarbias_meta
• replica_state_file_in_sync : colvarbias_meta
• replica_update_freq : colvarbias_meta
• replicas : colvarbias_meta
• replicas_mpi_comm : colvarproxy_replicas
• replicas_mpi_num : colvarproxy_replicas
• replicas_mpi_rank : colvarproxy_replicas
• replicas_registry : colvarbias_meta
• replicas_registry_file : colvarbias_meta
• report() : colvarmodule::usage
• request_actual_value() : colvar_grid< T >
• request_alch_energy_freq() : colvarproxy_namd, colvarproxy_system
• request_deletion() : colvarproxy, colvarproxy_vmd
• request_total_force() : colvarmodule, colvarproxy_lammps, colvarproxy_namd, colvarproxy_system, colvarproxy_vmd
• require_feature_alt() : colvardeps
• require_feature_children() : colvardeps
• require_feature_self() : colvardeps
• reset() : colvar_grid< T >, colvarbias, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::quaternion, colvarmodule, colvarmodule::rvector, colvarmodule::vector1d< T >, colvarproxy, colvarproxy_atom_groups, colvarproxy_atoms, colvarproxy_namd, colvarproxy_volmaps, colvarvalue
• reset_atoms_data() : colvarmodule::atom_group
• reset_bias_force() : colvar
• reset_data() : colvarmodule::atom
• reset_index_groups() : colvarmodule
• reset_modified_atom_list() : colvarproxy_atoms
• reset_pbc_lattice() : colvarproxy_system
• reset_rotation() : colvarmodule::quaternion
• residue_id : colvarmodule
• resize() : colvarmodule::matrix2d< T >
• restart_frequency_engine : colvarproxy_io
• restart_keep_hills : colvarbias_meta
• restart_out_freq : colvarmodule
• restart_out_name : colvarmodule
• restart_output_prefix() : colvarproxy_io
• restart_output_prefix_str : colvarproxy_io
• restart_version() : colvarmodule
• restart_version_int : colvarmodule
• restart_version_number() : colvarmodule
• restart_version_str : colvarmodule
• restore_children_deps() : colvardeps
• restraint_convert_k() : colvarbias_alb
• restraint_FE : colvarbias_restraint_k_moving
• restraint_force() : colvarbias_alb, colvarbias_restraint, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_linear
• restraint_potential() : colvarbias_restraint, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_linear
• rmatrix() : colvarmodule::rmatrix
• rms_atom_groups_applied_force() : colvarproxy_atom_groups
• rms_atoms_applied_force() : colvarproxy_atoms
• rot : colvar::orientation, colvarmodule::atom_group
• rot_deriv : colvarmodule::atom_group
• rotate() : colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rotation
• rotation() : colvarmodule::rotation
• rotation_derivative() : rotation_derivative< T1, T2 >
• rotation_matrix() : colvarmodule::quaternion
• run() : colvarscript
• run_ave() : colvar
• run_force_callback() : colvarproxy_namd, colvarproxy_script, colvarproxy_vmd
• run_tcl_script() : colvarmodule
• runave : colvar
• runave_length : colvar
• runave_outfile : colvar
• runave_stride : colvar
• runave_variance : colvar
• rvector_value : colvarvalue