Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:
- s -
- S
: colvarmodule::rotation
- S_backup
: colvarmodule::rotation
- S_eigval
: colvarmodule::rotation
- S_eigvec
: colvarmodule::rotation
- safely_read_restart
: colvarbias_meta
- samples
: colvar_grid_gradient
, colvar_grid_scalar
, colvarbias_abf
- scalable_group_coms()
: colvarproxy_atom_groups
, colvarproxy_namd
- scalar_com_gradient
: colvarmodule::atom_group
- scale()
: colvarbias_meta::hill
- script
: colvarproxy_script
- script_args
: LAMMPS_NS::FixColvars
- script_obj_to_str()
: colvarproxy_lammps
- script_obj_to_str_vector()
: colvarproxy_lammps
- scripted_function
: colvar
- scripting_after_biases
: colvarmodule
- seekg()
: cvm::memory_stream
- send_alch_lambda()
: colvarproxy_system
, colvarproxy_vmd
- set()
: colvarmodule::quaternion
, colvarmodule::rvector
- set_alch_lambda()
: colvarproxy_system
- set_cmdline_main_cmd()
: colvarscript
- set_coupling
: colvarbias_alb
- set_cvc_flags()
: colvar
- set_cvc_param()
: colvar
- set_default_restart_frequency()
: colvarproxy_io
- set_div()
: integrate_potential
- set_dummy()
: colvarmodule::atom_group
- set_dummy_pos()
: colvarmodule::atom_group
- set_elem()
: colvarvalue
- set_enabled()
: colvardeps
- set_frame()
: colvarproxy_io
, colvarproxy_vmd
- set_from_euler_angles()
: colvarmodule::quaternion
- set_function_type()
: colvar::cvc
- set_initial_step()
: colvarmodule
- set_input_prefix()
: colvarproxy_io
- set_input_state_buffer()
: colvarmodule
- set_integration_timestep()
: colvarproxy_system
- set_ones()
: colvarvalue
- set_output_prefix()
: colvarproxy_io
- set_param()
: colvar::cvc
, colvarparams
- set_random()
: colvarvalue
- set_random_seed()
: colvarproxy_lammps
- set_replicas_communicator()
: colvarproxy_lammps
- set_restart_output_prefix()
: colvarproxy_io
- set_result_colvarvalue()
: colvarscript
- set_result_colvarvalue_vec()
: colvarscript
- set_result_int()
: colvarscript
- set_result_int_vec()
: colvarscript
- set_result_long_int()
: colvarscript
- set_result_long_int_vec()
: colvarscript
- set_result_real()
: colvarscript
- set_result_real_vec()
: colvarscript
- set_result_rvector()
: colvarscript
- set_result_rvector_vec()
: colvarscript
- set_result_str()
: colvarscript
- set_result_text()
: colvarscript
- set_result_text_from_str()
: colvarscript
- set_sizes()
: colvar_grid< T >
- set_state_params()
: colvar
, colvarbias
, colvarbias_alb
, colvarbias_meta
, colvarbias_restraint
, colvarbias_ti
- set_string()
: colvarparse
- set_target_temperature()
: colvarproxy_system
- set_tcl_interp()
: colvarproxy_tcl
- set_thermostat_temperature()
: LAMMPS_NS::FixColvars
- set_unit_system()
: colvarproxy_lammps
, colvarproxy_namd
, colvarproxy_system
, colvarproxy_vmd
- set_value()
: colvar::cvc
, colvar_grid< T >
- set_weighted_gradient()
: colvarmodule::atom_group
- set_zero_minimum()
: integrate_potential
- setActivationFunction()
: neuralnetworkCV::denseLayer
- setf()
: cvm::memory_stream
- setstate()
: cvm::memory_stream
- setup()
: colvar::cvc
, colvar
, colvar_grid< T >
, colvarmodule::atom_group
, colvarproxy
, colvarproxy_lammps
, colvarproxy_namd
, colvarproxy_vmd
- setup_input()
: colvarmodule
- setup_io()
: LAMMPS_NS::FixColvars
- setup_output()
: colvarbias
, colvarbias_meta
, colvarmodule
- shifted_pos
: colvar::orientation
- sigmas
: colvarbias_meta::hill
- simparams
: colvarproxy_namd
- simulation_continuing()
: colvarproxy
- simulation_running()
: colvarproxy
- sin()
: colvarmodule
- single_replica
: colvarbias_meta
- size()
: colvarmodule
, colvarvalue
- sizes()
: colvar_grid< T >
- slice()
: colvarmodule::vector1d< T >
- sliceassign()
: colvarmodule::vector1d< T >
- smooth_inverse_weight()
: colvar_grid_gradient
- smoothing_factor()
: colvarbias_abf
- smp_biases_loop()
: colvarproxy_smp
- smp_biases_script_loop()
: colvarproxy_smp
- smp_colvars_loop()
: colvarproxy_smp
- smp_lock()
: colvarproxy_smp
- smp_num_threads()
: colvarproxy_smp
- smp_thread_id()
: colvarproxy_smp
- smp_trylock()
: colvarproxy_smp
- smp_unlock()
: colvarproxy_smp
- sorted_atoms_ids
: colvarmodule::atom_group
- sorted_atoms_ids_map
: colvarmodule::atom_group
- sorted_cvc_values
: colvar
- sorted_ids()
: colvarmodule::atom_group
- sorted_ids_map()
: colvarmodule::atom_group
- source_Tcl_script
: colvarmodule
- spin_angle()
: colvarmodule::rotation
- split_string()
: colvarparse
- sqrt()
: colvarmodule
- stage
: colvarbias_restraint_moving
- start_after_steps
: colvarbias_reweightaMD
- starting_force_k
: colvarbias_restraint_k_moving
- state_
: cvm::memory_stream
- state_file_prefix()
: colvarmodule
- state_file_step
: colvarbias
- state_keyword
: colvarbias
- step_absolute()
: colvarmodule
- step_number
: colvarmodule
- step_relative()
: colvarmodule
- str_result()
: colvarscript
- str_result_
: colvarscript
- strip_values()
: colvarparse
- sum()
: colvarvalue
- sup_coeff
: colvar::cvc
- sup_np
: colvar::cvc
- sW
: colvarbias_meta::hill
- switching_function()
: colvar::coordnum
- system_force
: colvarbias_abf