Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- s -

• S : colvarmodule::rotation
• S_backup : colvarmodule::rotation
• S_eigval : colvarmodule::rotation
• S_eigvec : colvarmodule::rotation
• safely_read_restart : colvarbias_meta
• samples : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvarbias_abf
• scalable_group_coms() : colvarproxy_atom_groups, colvarproxy_namd
• scalar_com_gradient : colvarmodule::atom_group
• scale() : colvarbias_meta::hill
• script : colvarproxy_script
• script_args : LAMMPS_NS::FixColvars
• script_obj_to_str() : colvarproxy_lammps
• script_obj_to_str_vector() : colvarproxy_lammps
• scripted_function : colvar
• scripting_after_biases : colvarmodule
• seekg() : cvm::memory_stream
• send_alch_lambda() : colvarproxy_namd, colvarproxy_system, colvarproxy_vmd
• set() : colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• set_alch_lambda() : colvarproxy_system
• set_cmdline_main_cmd() : colvarscript
• set_coupling : colvarbias_alb
• set_cvc_flags() : colvar
• set_cvc_param() : colvar
• set_default_restart_frequency() : colvarproxy_io
• set_div() : integrate_potential
• set_dummy() : colvarmodule::atom_group
• set_dummy_pos() : colvarmodule::atom_group
• set_elem() : colvarvalue
• set_enabled() : colvardeps
• set_frame() : colvarproxy_io, colvarproxy_vmd
• set_from_euler_angles() : colvarmodule::quaternion
• set_function_type() : colvar::cvc
• set_initial_step() : colvarmodule
• set_input_prefix() : colvarproxy_io
• set_input_state_buffer() : colvarmodule
• set_integration_timestep() : colvarproxy_system
• set_ones() : colvarvalue
• set_output_prefix() : colvarproxy_io
• set_param() : colvar::cvc, colvarparams
• set_random() : colvarvalue
• set_random_seed() : colvarproxy_lammps
• set_replicas_mpi_communicator() : colvarproxy_replicas
• set_restart_output_prefix() : colvarproxy_io
• set_result_colvarvalue() : colvarscript
• set_result_colvarvalue_vec() : colvarscript
• set_result_int() : colvarscript
• set_result_int_vec() : colvarscript
• set_result_long_int() : colvarscript
• set_result_long_int_vec() : colvarscript
• set_result_real() : colvarscript
• set_result_real_vec() : colvarscript
• set_result_rvector() : colvarscript
• set_result_rvector_vec() : colvarscript
• set_result_str() : colvarscript
• set_result_text() : colvarscript
• set_result_text_from_str() : colvarscript
• set_sizes() : colvar_grid< T >
• set_state_params() : colvar, colvarbias, colvarbias_abmd, colvarbias_alb, colvarbias_meta, colvarbias_restraint, colvarbias_ti
• set_string() : colvarparse
• set_target_temperature() : colvarproxy_system
• set_tcl_interp() : colvarproxy_tcl
• set_thermostat_temperature() : LAMMPS_NS::FixColvars
• set_unit_system() : colvarproxy_lammps, colvarproxy_namd, colvarproxy_system, colvarproxy_vmd
• set_value() : colvar::cvc, colvar_grid< T >
• set_weighted_gradient() : colvarmodule::atom_group
• set_zero_minimum() : integrate_potential
• setActivationFunction() : neuralnetworkCV::denseLayer
• setf() : cvm::memory_stream
• setstate() : cvm::memory_stream
• setup() : colvar::cvc, colvar, colvar_grid< T >, colvarmodule::atom_group, colvarproxy, colvarproxy_lammps, colvarproxy_namd, colvarproxy_vmd
• setup_input() : colvarmodule
• setup_io() : LAMMPS_NS::FixColvars
• setup_output() : colvarbias, colvarbias_meta, colvarmodule
• shifted_pos : colvar::orientation
• sigmas : colvarbias_meta::hill
• simparams : colvarproxy_namd
• simulation_continuing() : colvarproxy
• simulation_running() : colvarproxy
• sin() : colvarmodule
• single_replica : colvarbias_meta, colvarbias_opes
• size() : colvarmodule, colvarvalue
• sizes() : colvar_grid< T >
• slice() : colvarmodule::vector1d< T >
• sliceassign() : colvarmodule::vector1d< T >
• smooth_inverse_weight() : colvar_grid_gradient
• smoothing_factor() : colvarbias_abf
• smp_biases_loop() : colvarproxy_smp
• smp_biases_script_loop() : colvarproxy_smp
• smp_colvars_loop() : colvarproxy_smp
• smp_lock() : colvarproxy_smp
• smp_num_threads() : colvarproxy_smp
• smp_thread_id() : colvarproxy_smp
• smp_trylock() : colvarproxy_smp
• smp_unlock() : colvarproxy_smp
• sorted_atoms_ids : colvarmodule::atom_group
• sorted_atoms_ids_map : colvarmodule::atom_group
• sorted_cvc_values : colvar
• sorted_ids() : colvarmodule::atom_group
• sorted_ids_map() : colvarmodule::atom_group
• source_Tcl_script : colvarmodule
• spin_angle() : colvarmodule::rotation
• split_string() : colvarparse
• sqrt() : colvarmodule
• stage : colvarbias_restraint_moving
• start_after_steps : colvarbias_reweightaMD
• starting_force_k : colvarbias_restraint_k_moving
• state_ : cvm::memory_stream
• state_file_prefix() : colvarmodule
• state_file_step : colvarbias
• state_keyword : colvarbias
• step_absolute() : colvarmodule
• step_number : colvarmodule
• step_relative() : colvarmodule
• stopping_val : colvarbias_abmd
• str_result() : colvarscript
• str_result_ : colvarscript
• strip_values() : colvarparse
• sum() : colvarvalue
• sup_coeff : colvar::cvc
• sup_np : colvar::cvc
• sW : colvarbias_meta::hill
• switching_function() : colvar::coordnum
• system_force : colvarbias_abf